불편한 편의점2의 내용은 독고가 떠나고 1년반이 지난 여름부터 시작된다. 염여사는 서울을 잠시 떠났고 새로이 오선숙 여사가 점장이 되어 등장한다. 독고를 캐내던 사설 형사같은 곽선생은 계속 야간 알바를 하고 있는 상황이다. 곽선생이 야간 알바를 그만두고 새로 야간 알바를 구하는데 커다란 덩치와 부담스러운 행동이 누군가를 연상시키는 독고와 닮은 듯 안 닮은 듯한 새로운 알바생 홍금보가 등장한다. 실제 이름은 홍금보가 아닌 황근배이다. 점장 선숙의 핀잔과 사장 민식의 압박에도 굴하지 않는 홍금보 알바생이 야간 알바를 하면서 편의점에 들리는 다양한 손님들의 고민들을 듣고 조언을 해주는 내용이다.
주요 에피소드는 다음과 같다
1. 소울스낵
자갈치와 참이슬로 스트레스를 푸는 소진이 등장한다. 3년 차 취준생 소진은 생활비를 벌기 위해 편의점 알바를 시작한다.
아버지가 예전에 돌아가셨는데, 아버지가 자갈치 과자를 보고 가물치라고 부르는 추억이 있어 소진의 소울푸드이다.
지친 소진에게 근배는 호구로 살지 말고 포식자로 살라고한다.
한 달 후, 소진은 한 홍보회사에 면접에 소울 스낵 자갈치를 먹으면 가물치로 변신하는 슈퍼파워를 지닌 인재라고 발표했다가 결국 취직해 편의점을 그만둔다.
2. 꼰대오브꼰대
고깃집 사장님의 이야기다. 정육식당을 운영하는 최사장은 코로나때문에 식당이 어려워졌다 생각한다. 최사장은 꼰대오브꼰대로 자신이 생각하는 것이 맞다고 항상 생각한다. 결국 가족과의 불화로 편의점에 와서 소주를 마시는게 그의 유일한 도피처이다.
금보는 최사장을 꼰대라고 알려준다. 결국 외식을 통해 자신의 의견을 접고 꼰대를 버리기로 한다.
3. 투 플러스 원
고등학생이 주인공으로 이름은 민규다. 부모닙과 불화로 민규는 편의점을 찾고 투 플러스 원 제품을 사고 시간을 보낸다.
근배는 '궤도수정'책을 통해 인생의 궤도를 바꿔 편의점이 아닌 도서관에서 책을 읽으며 꿈을 키워간다
4. 밤의 편의점
여기서는 근배의 이야기가 나온다. 홍금보는 아동극단에 연극배우이다. 불편한 편의점을 연극을 앞두고 금보는 불편한 편의점1의 주인공이었던 독고역할을 맡게 되었다. 코로나로 인해 연극이 연기되어 그때 독고를 이해하기 위해 편의점 야간 알바를 시작했던 것이다.
5. 오너 알바
불편한 편의점1에서도 나온 염여사의 아들이 주인공이다. 염여사가 현재 치매로 몸이 아파 언니가 있는 지방으로 가게되면서 민식이 사장이 된다. 근배와 대화로 편의점 이익을 내려면 오너가 알바를 해야한다면서 자신의 자리를 물려주겠다고 하고 민식은 사장으로서 편의점 일을 시작한다.
마지막으로 염여사는 시골에서 서울로 돌아오나 치매가 점점 진행되어 새로운 활동을 시작하고 연극 '불편한 편의점'의 초대를 받아 연극을 감상한다. 편의점 일을 그만두었던 시현은 염여사와 오랫만에 만나고 준성과는 연인사이가 된다.