듄의 메시아에서 전반적으로 비춰지는 내용은 거대한 세력 싸움과 절대적 제국의 통치, 스파이스를 통한 이권과 기존 질서에 따르지 않는 반항, 어지러운 정치적 상황과 특히 현대인의 시각으론 이해할 수 없는 광신적 종교에 대한 순례행위에 대하여 이야기하고 있다.
특히 종교화되어 신격화 된 존재에 대한 이야기가 많으며 그 과정에서 부재인 메시아에 대한 이야기를 풀어낸다.
1권에서 거대한 우주적 대서사시에 대한 이야기를 했다면 2권에서는 미래를 볼 수 있어 메시아가 된 주인공의 인간적 불안함과 감정을 담은 독백위주의 1인극에 가까운 스토리이다. 그가 가지는 예지력은 너무나 순도가 높아서 자유로운 선택지를 오히려 제한한다. 뻔히 나와있는 정답 을 무시하고 달려갈 자가 있겠는가. 또 정답을 아는 자가 옆에 있는데 위험을 감수할 사람은 있을까. 그러한 점들이 메시아이지만 평범한 한 인간을 힘들게 만든다. 미래를 위해 현재를 희생하고 행동 하나하나의 파장을 미리 알 수 있기에 그 파장을 고려해 한치 의 실수 없이 현재를 연기 해야 하는 고통은 본인이 본인이 아니라 그저 꾸며진 극의 한 사람이라고 느끼게 할 것이다.
그 이전의 예지인의 끝은 자살이었다. 이유는 주인공과 같다. 미래를 보는 것은 자유의지의 상실을 의미하기 때문에 그것을 버틸 수 없었던 것이다. 책 속의 주인공은 언제나 암살의 위험을 안고 살아가고 있다. 그러나 굳이 암살하지 않더라도 그는 서서히 죽어가고 있다. 단지 그 끝을 가장 좋은 방법으로 매듭짓기 위해, 다시 말해 가장 좋게 죽기 위해 살아가고 있는 것이다.
더욱 나쁜 점은 그가 신격화 되어 여러 행성에서 추앙받고 있으며 본인의 의지와 상관없이 그의 말 하나하나가 경전이 되어 행성민들을 탄압하고 착취하는데 사용된다는 점이다. 그 것도 다 알지만 뚜렷히 막을 방법이 없다.
책은 이러한 설정속에서 거대한 이야기를 하는 것이아니라, 주인공이 메시아의 족쇄를 벗고 어떻게 다시 인간이 되는가에 촛점을 맞추고 결국 주인공은 책의 말미에 이렇게 말한다.
"이제 자유다"