주인공 선윤재는 편도체 이상으로 감정을 느끼지 못한다. 감정을 느끼지 못하기 때문에 위험한 일을 구별하기 어려웠다. 윤재의 엄마는 그를 훈련시켜서 정상인처럼 살게 하고 싶어한다. 엄마의 노력으로 윤재는 감정을 일부 학습하게 된다.
윤재의 생일날 할머니와 엄마는 식당에서 맛있는 식사를 하고 나오는 길에 묻지마 살인사건에 휘말린다. 엄마는 가까스로 살아남았지만 식물인간이 되어 버린다. 세상에 혼자 남겨진 윤재는 엄마가 운영하던 헌책방을 운영하며 이웃 심 박사의 도움으로 생활한다.
다시 학교로 돌아간 윤재는 다르다는 이유로 주목받고 괴롭힘 당한다. 어느날 윤교수라는 사람이 찾아와 시한무 인생을 살고 있는 부인에게 아들인 척 연기를 해달라고 한다. 윤재는 감정을 느끼기 힘들지만 죽어가는 그녀의 따뜻한 포옹에서 무언가를 느낀다.
윤교수의 아들 곤이가 윤재의 학교로 전학온다. 곤이는 폭력적인 말과 행동을 일삼는다. 처음에 윤재를 괴롭히다가 곤이에 대한 선입견이 없는 윤재의 모습을 보고 가까워진다. 곤이는 사실은 마음이 여렸지만 그런 모습은 윤재만 알 수 있다.
곤이는 어릴 적 엄마를 잃어버리고 입양되어 여러 가정을 거치며 불안정하게 성장했다. 다시 만난 아빠와는 거리감이 느껴지고 불편하다.
윤재는 학교에서 이도라라는 운동을 좋아하는 소녀와 가까워진다.
곤이는 자신은 평범한 삶과 어울리지 않는다며 자신에게 어울리는 삶을 찾아간다. 불량한 친구들인 찐빵과 철사에게 찾아간 곤이는 그들에게 잡혀있다. 윤재는 곤이를 찾아가고 불량배 철사에게 칼을 맞는다. 곤이는 철사를 공격했고 곧 어른들과 경찰들이 와서 윤재와 곤이를 구한다.
윤재의 엄마는 회복했고 곤이는 심리치료를 받으며 회복에 힘쓴다. 곤이는 윤재에게 진심이 담긴 편지를 남긴다.
가장 위험한 순간 윤재는 곤이를 위해 나섰다. 선천적으로 두려움이 없다는 것과는 별개로 곤이를 구하기 위해 자신을 희생하며 우정을 완성시킨다.
윤재는 세상을 이해하지 못한다고 했지만 자신의 눈높이로 이해하고 있었다.
감정이라는 것이 나를 괴롭게 만들기도 하지만 나를 나답게 만들기도 한다는 것을 다시금 생각하게 되었다. 불편함을 느끼지 않기 위해 내가 하는 일들, 두려워서 내가 하는 일들도 나 자신을 보호하기 위한 것이다. 즐거움과 행복함도 중요하지만 공포와 불안도 우리를 온전하게 만들기 위한 역할이 있음을 다시금 생각한다.