나는 17살 소년으로 16살 소녀와는 고등학교 에세이 대회에서 만난 이후 꿈이나 일상에 대해 편지를 주고 받으며 대화를 했지만 어느 날 소녀는 사라진다. 소녀는 높은 벽에 둘러싸인 도시에 살고 있다고 얘기해 주었고 소년은 그 곳을 찾아 간다. 그 도시에 들어 가려면 자신의 그림자를 떼어 내야하고 눈에 상처를 내고 도시의 문을 넘으면 다시는 문 밖으로 나가지 않겠다는 계약을 해야 한다. 그곳에서 나는 "꿈 읽는 이"가 되어 도서관에 출근하고 소녀를 만나게 되지만 그 소녀는 그림자가 없고 바깥 세상의 소녀와는 다른 존재 이기에 나를 알아 보지 못한다. 시간이 흘러 도시에 들어올 때 밖에 떼어 놓았던 나의 그림자는 시름 시름 앓게 되었고 나는 그림자와 이 도시를 탈출하기로 하지만 마지막에 그림자는 웅덩이에 빠져 도시 밖으로 나가고 나는 도시에 남게 된다.
현실 세계에서 나는 중년의 나이가 된 특징이 없는 남자다. 회사에 사직서를 내고 소도시 후쿠시마 현의 마을 도서관장으로 이직하는 과정에서 유령인 전임 도서관장인 고야스 씨의 면접을 통해 도서관장으로 일하게 된다. 고야스 씨는 젊은 시절 문학을 좋아했다. 그러나 집안 가업을 이어 받기 위해 고향으로 돌아와 사업을 하다 늦은 나이에 결혼을 했지만 아들은 자동차 사고로, 부인은 아들 사고로 인한 우울증으로 자살을 하게 된다. 이후 고야스 씨는 회사를 정리해 남은 재산을 도서관을 짓는데 기부한다. 고야스 씨의 이야기를 듣고 가끔 그의 가족묘에 찾아가 명복을 빌어주게 되었고, 어느 날 벽에 둘러 쌓인 도시에 대한 이야기를 했는데 그 이야기를 옐로 서브마린 소년이 듣게 되었고, 그 소년은 도시를 그린 지도를 나에게 주며 그 도시에 가야 한다고 한다. 한 참이 지난 어느 날 옐로 서브마린 소년은 현실 세계에서 사라진다.
다시 벽 안쪽 도시에서의 나는 "꿈 읽는 이"로 도서관에 가면 언제나 16살인 소녀가 나를 위해 따뜻하게 난로에 불을 피우고 차를 준비한다. 어느 날 도서관 가는 길에 옐로 서브마린 소년을 본다. 소년은 나의 꿈에 나타나 문지기 모르게 이 도시에 들어왔고 이 도시에서 오래된 꿈을 읽는 것이 유일한 바람이라고 "꿈 읽는 이"가 되어야 한다며 나와 한 몸이 되고 싶다고 한다. 나와 소년은 원래 하나였기 때문에.... 나와 소년은 일체화가 되어 이 도시에서 "꿈 읽는 이"로 지내게 되지만, 어느 날인가부터 위화감을 느끼게 되고 이 도시에서 내가 있을 곳이 없다는 것을 알고 도시 바깥 세상으로 나가길 결심한다.
저자는 내면세계와 현실세계를 오가며 이야기를 한다. 내면 속은 시간이 존재하지 않고 허공에 떠 있는 상태 이지만, 현실에서는 허공에 떠 있는 나를 떨어 질 때 받아 줄 믿을 수 있는 누군가를 찾는 것이 중요하다고 하는데, 나의 내면과 현실은 어떤가? 과연 허공에서 떨어 질 때 나를 받아줄, 내가 믿을 수 있는 누군가가 나에게 있는지 곰곰히 생각하게 한다.