해리는 엉겹결에 퀴디치 경기의 수색꾼 역할을 맡게 되었다.
해리는 할로윈을 맏이하여 예상치 못한 선물을 받게 되는데, 그것은 바로 맥고나걸 교수가 보내준 신형[닐부스 2000]모델의 빗자루였다. 해리는 미쳐 눈치채지 못하였겠지만, 해리의 잠재능력을 알아본 맥고나걸 교수가 퀴디치 경기 승리을 위하여 야심차게 준비한 선물이었다.

드디어 그리핀도르와 글리데린 기숙사간의 경기 당일.
양팀간의 격렬한 경기속에 초반 승부는 그리핀도르 쪽으로 기울고 있었지만, 후반으로 갈수록 온갖 수법을 동원한 글리데린의 반공으로 전세는 역전되고 있었다. 결국 승리를 위해서는 150점이 걸린 골든스니치를 잡을 수 밖에 없었다. 해리는 골든스니치를 잡기 위하여 혼신의 힘을 다 하였으나, 스네이프 교수의 어둠의 마법으로 빗자루에서 떨어질 위기에 봉착하였다. 그러나, 이를 간파한 헤르미온느의 도움으로 마법에서 벗어나고, 수직 낙하 비행술을 선보이며 결국 골든스니치를 잡아 그린핀도르가 승리를 거머쥐게 되었다.
놀라운 승리로 해리포터의 명성은 호그와트 전체로 퍼져나가게 되었고, 론과 헤르미온느와의 우정은 더욱 깊어만 갔다.

해리는 론과 해르미온느와 함께 마법 세계의 여러가지 비밀을 알게 되는데, 특히 '마법사의 돌'이라는 신비한 물건의 대한 소문을 접하게 되었다. 조사를 거듭한 끝에 마법사의 돌은 니콜라스 플라멜이라는 연금술사에 의하여 만들어졌으며, 이를 통해 무한한 금과 영생을 얻을 수 있다는 사실을 알게 되었다.
또한 악마의 화신인 볼트모어가 영생을 얻기 위하여 마법사의 돌을 노리고 있으며, 아직 완전히 부활하지 못한 볼트모어가 호그와트 마법학교에서 어둠의 마법 방어술을 가르치고 있는 퀴렐 교수의 몸을 빌려 숨어 있다는 사실도 알게 되었다.

결국 해리는 마법사의 돌이 학교 지하에 숨겨져 있으며 마법사의 돌을 차지하기 위해서는 이를 지키는 여러가지 관문을 통과하여야 한다는 사실도 밝혀냈다. 해리는 론과 해르미온느의 도움으로 마법사의 돌을 찾기로 결정하였는데, 론의 희생을 통해 체스판을 움직여 길을 만들어내고, 해르미온느의 추리력을 통해 독이 든 물약을 가려내어 결국 최종 방으로 진입하는데 성공하였다.

그러나, 마법사의 돌을 차지하려는 볼트모어와 최종 대결을 벌이게 되었고 힘든 싸움 끝에 결국 승리하게 되었다. 하지만 치열한 싸움 과정 중 해리는 큰 충격과 부상을 입고 정신을 잃고 말았다. 얼마 후, 병실에서 눈을 뜬 해리는 덤블도어 교수와 대화를 통해 해리의 부모님이 남긴 마법의 도움으로 볼트모어와와 싸움에서 이길 수 있었으며, 마법의 돌은 파괴되었다는 사실을 알게 되었다.

학기가 끝나고 방학을 맞이하여 해리는 집으로 돌아가게 되는데, 볼트모어가 아직 죽지 않았다는 사실을 뒤늦게 알게 되었다.
해리의 첮번째 마법 여행은 끝이 났지만, 더더욱 흥미진진한 마법 여행이 기다리고 있는 것이다.