녹나무의 여신은 히가시노 게이고가 쓴 많은 시리즈 중에 하나인 녹나무 시리즈이며 이전에 나온 녹나무의 파수꾼에 이어 주인공인 레이토가 파수꾼이 되어 펼쳐지는 이야기이다. 이 녹나무는 한 사람의 염원을 받아 그 사람이 원하는 다른 사람에게 그 염원을 전달하는 역할을 하는 신성한 나무이다. 기독교나 불교 외에 일본에서는 여러가지 사물을 모시고 기도하는 전통이 있는데 이 녹나무 시리즈는 우리나라와는 다른 일본의 전통 문화를 잘 반영한 소설이라고 할 수 있다.

일본의 작은 마을에 사는 주인공인 레이토는 불우한 환경에서 자라나 범죄를 저질렀으나, 레이토의 이모이면서 녹나무의 파수꾼이었던 치후네의 권유로 이모의 뒤를 이어 월향신사의 녹나무 파수꾼으로서 새로운 인생을 살게 된다. 녹나무는 사람들의 염원을 들어주는 신비로운 존재이며 파수꾼인 레이토는 사람들이 기도를 하거나 그 염원을 받는 의식이 행해지는 녹나무를 관리하는 역할을 한다. 어느 날 한 손님이 녹나무 안에서 갑자기 쓰러지고 레이토가 녹나무를 비워둔 사이 강도치사 사건이 발생하게 된다. 그리고 어느 날 녹나무에 유키나라는 여고생이 방문해서 녹나무에 관한 시가 쓰여 있는 시집을 팔아달라고 하고 레이토는 여고생에게 도움이 되고자 시집을 비치한다. 한편 레이토의 이모이자 이전 녹나무의 파수꾼이었던 이모 치후네는 나이가 들어 인지 장애를 겪게 되는데 인지증 환자들의 모임에 레이토와 같이 동행하면서 모토야라는 아이를 만나게 된다. 모토야도 치후에와 비슷한 인지 장애를 가지고 있는데 전날 있었던 일도 기억하지 못하는 상태이다. 모토야는 레이토에게 호감을 가지게 되고 레이토를 만나기 위해 녹나무를 방문하면서 그곳에 비치된 유키나가 쓴 시집을 읽고 그림 그리는데 소질이 있었던 모토야는 삽화를 그리게 된다. 여러 일을 겪게 되면서 그 그림을 보게된 유키나는 결국 레이토의 도움을 받아 모토야와 같이 녹나무에 관한 그림책 한 권을 만들게 된다.

녹나무의 여신은 주인공인 레이토와 등장인물인 유키나와 모토야 등 서로 얽힌 여러가지 사건을 서술하면서 단순한 살인사건 등 미스터리 뿐만이 아니라 인간이 살면서 겪게 되는 많은 이야기를 다루고 있다. 이 책은 유키나와 모토야를 중심으로 단순한 소설이 아닌 아름다운 동화책 한 권을 읽은 듯한 느낌을 준다.