폴은 아버지인 레토 공작을 따라 모래와 멜란지의 행성 아라키스로 가게 된다. 아트레이데스 가문의 원수인 하코넨이 통치하던 아라키스는 모래밖에 없는 불모지 사막이지만, 멜란지의 유일한 생산지이기도 하다. 멜란지 독점을 통해 부를 축적한 하코넨은 레토 공작을 파멸시키기 위해 덫을 치고 기다린다.
한편 칼라단을 떠나기 전 폴은 베네 게세리트 대모의 시험을 통과하고, 베네 게세리트가 유전적 계획으로 만들어 낸 퀴사츠 헤더락일 수도 있다는 이야기를 듣게 된다. 폴은 어머니인 레이디 제시카를 통해 베네 게세리트의 방법을 어려서부터 배우고, 투피르 하와트로부터 멘타트의 훈련도 받는다.
폴은 아라키스에 도착한 후 암살 위험에 노출되지만 훈련의 성과로 위기를 극복한다. 레토 공작은 하코넨의 공격에 대비하기 위한 준비를 해 나아간다. 하코넨과 황제의 광전사를 맞서기 위해 아라키스에 살고 있는 부족인 프레멘의 도움이 필요하고, 이를 위해 아이다호를 파견하여 프레멘과의 관계를 구축한다.
하지만 아트레이데스 가문은 유에 박사의 배신으로 몰락하게 된다. 하코넨에게 협박을 받던 유에 박사의 배신으로 레토 공작은 하코넨에게 잡혀 죽게 되고, 폴과 제시카는 사막으로 도망친다. 물도 없고 모래벌레가 있는 위험한 사막에서 이들은 프레멘을 만나 목숨을 구하게 된다. 프레멘들은 베네 게세리트 보호 선교단이 심어 놓은 종교적 세뇌로 인해 폴을 외계로부터 온 구원자로 여긴다.
폴은 프레멘들과 생활하면서 프레멘의 방식을 배우게 된다. 사막에서 살아남을 수 있는 방법을 배우게 된다. 폴은 자신의 뛰어난 예지력을 인지하고, 스스로가 베네 게세리트의 계획의 산물이라는 것을 깨닫게 된다. 프레멘 종교에서 구원자로 여겨지던 폴은 결국 프레멘의 지도자가 되어 이들을 이끈다. 폴은 프레멘을 이끌며 하코넨에 저항한다.
황제는 혼란에 빠진 아라키스를 차지하기 위해 대군단을 이끌고 온다. 하지만 황제의 군대는 폴이 이끄는 프레멘에게 패하고, 하코넨 남작도 죽게 된다. 하코넨의 후계자인 페이드 로타도 폴과의 결투에서 죽고, 폴은 복수를 완성하며 왕좌에 오르게 된다.