기원전 48년 프롤레마이오스왕조의 내분으로 결국 알렉산드리아 전쟁이 발발했다. 이 시기 카이사르가 이끌던 로마군이 알렉산드리아를 침공했을 때 한차례 도서관이 파괴되었다. 가이사르의 협력을 얻어 즉위한 클레오파트라는 후에 로마와 대적하다가 기원전 31년 악티움해전에서 패한뒤 스스로 목숨을 끊었다. 그 이후 알렉산드리아를 포함한 이집트는 로마제국의 지배를 받았다. 한편 이집트에서는 일찍부터 그리스도교가 퍼졌다. 알렉산드리아에서는 히브리어 성서가 그리스어로 번역되었는데, 이것이 로마제국에서 그리스도교의확산을 가속하는 한 요인이 되었다. 이집트는 로마제국에서 소비하는 곡물의 3분의 1을 생산하는 곡창지대였다. 알렉산드리아는 곡물 이외에 면제품이나 유리제품, 파피루스의 생산지로도 유명했고, 페르시아와 시리아 등 동방에서 실려 온 상품의 수출항으로서 번성했다. 기원후 4세기 말, 로마의 테오도시우스 황제가 그리스도교를 로마제국의 국교로 제정했다. 그에 따라 그링스도교의 힘이 강해셨고, 그리와 이집트의 전통적인 다신교신앙이 탄압받았다. 그 결과 알렉산드리아의 학술의 뒷받침하던 다문화 공생의 풍토가 사라지게 되었다. 알렉산드리아 도서관은 이교도문화를 혐오하는 그리스도교의 공격을 받고 몰락했다. 640년에는 아랍의 이슬람세력이 이집트를 점령했는데, 이때 알렉산드리아는 이미 완전히 쇠퇴한 상태였던 것으로 보인다. 알렉산드리아의 항만은 이슬람인에 의해 재건되었고 이후 파티마, 맘루크와 같은 이슬람왕조가 지중해 무역의 거점으로 활용했다. 시간은 흘러 1798년, 프랑스의 나폴레옹이 오스만제국의 통치하는 이집트를 침공했다. 이때 오스만제국의 군인 무함마드 알리는 프랑스군을 물리친 뒤 이집트 태수가 되었고 이후 무함마드 알리왕조를 열었다. 알리는 알렉산드로스대왕과 같은 마케도니아 출신이었다. 그는 무엇보다 이짖ㅂ트의 근대화를 이끌기 위해 유럽 각국과의 무역활동에 힘을 쏟았고, 알렉산드리아는 계속해서 영국 지중해 함대의 ㄱ점으로 남아 2차 세계대전 뎨 독일군의 공습을 받기도 했다. 전쟁이 끝난후 영국은 해군기지를 철수했고 이트 정부가 도시를 재건했다. 이후 ㅈ이집트에서는 고고학 연구의 진행과 함께 사라진 알렉산드리아 도서관의 부흥을 도모하는 움직임이 일어났다.