듄 시리즈의 3번째 작품으로 2편에 이어 폴 아트레이데스의 추방 이후 9년이 지난 뒤 레토 아트레이데스 2세와 가니마 아트레이데스, 두 쌍둥이 남매가 고모인 엘리아 아트레이데스에 맞서며 레토가 자신의 운명을 찾아가는 이야기이다.
엘리아는 블라디미르 하코넨 남작의 사념에 지배당하고 있었으며 마지막엔 모래송어와 융합한 레토에 의해 제압당하며 마지막 힘을 짜내서 자살함으로서 최후를 맞게 되고, 음모를 꾸미던 코리노 가문의 음모 또한 분쇄되는데, 레이디 제시카에게 교육받은 황자 파라든 코리노가 오히려 그녀에게 감화돼서 코리노 가문을 등지게 된다.
아트레이데스의 추방 이후 9년이 지난 뒤 폴과 차니의 아이들은 쌍둥이 레토 아트레이데스 2세와 가니마 아트레이데스 대신 폴의 여동생이자 쌍둥이의 고모인 알리아가 섭정의 역할로 제국의 운영을 맡는다. 물이 풍부해지면서 차츰 변화되어 듄 제국은 이제 과거 모래 행성이 아니다. 그 변화는 곧 제국의 변화이며 레토와 가니마가 그 변화의 중심에 있다.
알리아는 자신의 내부에서 울려오는 블라디미르 하코넨 남작의 사념에 지배당하고 있었으며 그렇게 폭군으로 군림하게 된 알리아는 조카들의 목숨마저 노리게 되고, 레토 2세와 가니마는 이를 피해 도망친다. 그 즈음, 제국에는 눈먼 예언가가 나타났으며, 그가 사실은 폴 아트레이데스라는 소문이 돌게 된다. 사실 그 설교자는 폴이 맞았지만 폴은 자기자신을 다 잊고 그냥 설교자로 돌아다니며 알리아의 변신을 알리는데 주력한다.
알리아는 아라킨에 온 제시카도 죽이려고 하지만 제시카는 이주민들의 정착지인 붉은 구렁 시에치에 몸을 피하고 스틸가에게 연락오기를 기다린다. 스틸가에게 제시카는 내딸이 귀신에 홀렸으니 반드시 시련을 받아야한다라고 연락한다. 전편 마지막에 알리아와 결혼한 던컨 아이다호가 알리아의 명을 받고 제시카를 찾아오지만 그는 사실 알리아가 변한 것을 알고 제시카를 돕기위해 온 것이다. 그는 제시카를 오니솝터에 태우고 살루사 세쿤더스 행성으로 가서 파라든을 만나게 되며 이어지는 이야기를 다루고 있다.