임진왜란은 동아시아 삼국을 송두리째 바꿔놓았다. 각국의 정치와 경제, 사회, 문화뿐 아니라 세 나라의 외교관계에도 변화를 불러왔다. 이러한 변화의 물결은 전쟁 직후의 상황에 그치지 않고 각국의 명운과 미래에까지 뒤흔들었다.
전쟁이 끝난 뒤, 조선은 일본을 향해 기존에 갖고 있던 불신을 더욱 키워나갔다. 반면에 명나라를 향한 조선의 태도는 맹목적인 추종에 가까웠다. 조선은 명나라가 구원의 손길을 내밀어준 덕분에 전쟁에서 살아남았다고 여기고 있었다. 대내적으로도 조선은 큰 변화를 맞이하게 된다. 반정으로 임금이 바뀌고 집권 세력이 통째로 교체되면서 성리학적 질서는 더욱 견고해진다.
명나라와 일본도 변화의 물결을 거스를 수 없었다. 명나라는 임진왜란 참전으로 국력에 적잖은 타격을 입은 상황에서 연이은 가뭄과 기근이라는 악재를 맞았다. 여기에 황실의 사치와 환관들의 횡포, 부패한 관료들의 가렴주구까지 더해지면서 명나라는 급격한 쇠락의 길을 걷게 된다. 나라 안팎으로 위기에 처했던 명나라는 때마침 일어난 대규모 농민 봉기로 인해 1644년 멸망하고 말았다. 임진왜란이 끝난 지 50년도 채 지나지 않아 명나라는 역사의 뒤안길로 사라졌고 청나라가 그 자리를 대신하여 이후 300여 년간 동아시아의 퍠자로 군림하게 된다.
한편 일본에서는 도요토미 히데요시의 사후 도쿠가와 이에야스가 내전을 일으켜 정적들을 제거하고 정권을 장악했다. 도쿠가와 이에야스를 주축으로 한 에도 막부는 도요토미 히데요시의 흔적들을 빠르게 지워나갔는데, 이는 오다 노부나가에서 도요토미 히데요시로 이어져온 대륙 진출의 꿈이 공상에 불가했음을 뼈저리게 깨달은 결과이기도 했다. 그 사실을 반증하듯 에도 막부의 일본은 나라의 문호를 굳게 닫고 안으로 침잠했다.
동아시아의 삼국이 겪은 일련의 변화가 전부 임진왜란에서 직접적으로 유래된 것은 아니더라도 그 중심에 임진왜란이 자리하고 있음은 부정할 수 없는 사실이다. 그렇게 임진왜란은 전쟁에 참여한 세 나라를 송두리째 흔들고 새로운 시대를 불러일으키며 동아시아 역사의 커다란 전환점으로 자리매김했다.