특수부대 출신의 예거는 폐포상피세포 경화증에 걸린 아들의 치료비를 벌기 위해 용병으로 일하고 있다.
그를 고용한 회사는 어느 날 그를 호출하여 새로운 임무를 맡기고, 임무를 수행하기 위한 팀을 짜고 그들을 훈련시킨다.
예거, 전직 CSI 스파이 겐토, 의료 담당을 맡는 마이어스, 상당히 난폭한 일본계 용병 믹.
그들이 맡은 임무는 '가디언'
아프리카의 피그미족에게서 인류의 멸망을 가져올 수 있는 바이러스가 발견되었고,
이에 인류를 바이러스로부터 보호하기 위해 해당 피그미 부족을 모두 몰살하고 본적없는 미지의 생물을 발견하면 사살하라는 것.
예거 팀은 훈련 종료 후 임무를 수행하기 위하여 타겟 피그미 부족이 있는 곳으로 침투하고,
그 곳에서 작전을 실행하기 직전 피그미 족과 함께 지내고 있는 인류학자 '나이젤 피어스'가
이미 자신들의 작전과 진행 상황을 알고 있고 그들과 대화를 시도하려는 것에 의문을 품고 잠시 작전을 중단한다.
바이러스학 교수였던 겐토의 아버지가 갑작스러운 심혈관계 이상으로 죽음을 맞이하게 되고
겐토는 아버지의 장례식장에서 아버지의 친구인 기자 스가이로부터 '하이즈먼 리포트'에 대한 이야기를 듣는다.
평소 아버지에 대해 그다지 깊은 감정을 가지고 있지 않았던 그는 그 이야기를 그냥 대수롭지 않게 넘긴다.
제약학과의 대학원생이라는 평범한 일상으로 돌아온 그에게 돌아가신 아버지로부터 메일이 도착하고,
메일을 통해 겐토는 아버지가 죽기전에 만들어놓은 숨겨진 실험실과 노트북 2대를 발견한다.
그렇게 겐토는 아버지가 죽음으로써 차마 이루지 못했던 임무를 떠안게 된다.
그 임무는 한달 내에 현재 수 많은 아이들을 죽음으로 내 몰고 있는 난치병 '폐포상피세포 경화증'의 치료약을 개발하는 것.
많은 사람들의 연구와 노력에도 불구하고 치료제를 개발하기 불가능했는데, 이 어려운 임무를 한달 내에 완수해야한다는 것에 겐토는 의구심을 느낀다.
이에 그는 아버지가 남긴 노트북에 깔려있는 이상한 프로그램의 정체를 파악하기 위해 한국인 유학생 이정훈에게 도움을 요청한다.
그러한 와중에 겐토는 아버지의 죽음이 모종의 무언가와 연관되어 있을 수도 있다는 점에서 아버지의 죽기 전 행적을 조사하고, '하이즈먼 리포트'에 관심을 가지게 된다.
정부에서 '하이즈먼 리포트'에 대한 접근을 막아놓았지만 겐토는 우여곡절 끝에 하이즈먼 리포트를 얻게 되고, 하이즈먼 리포트가 인류가 멸망하게 될 원인이 될 요인들을 정리해 놓은 리포트라는 것과
현재 자신과 아버지가 얽혀 있는 일들이 하이즈먼 리포트의 항목들 중 하나와 연관이 있음을 알게 된다.
미국은 사람들의 전화와 메일을 도청하는 과정에서 나이젤 피어스의 메일을 보게 되고, 피그미 부족에서 신인류에 해당하는 아이가 태어났음을 알게 된다.
하이즈먼 리포트에 명시되어있던 인류 멸망 원인중 하나인 현인류의 진화 형 '신인류' 현 인류보다 훨씬 뛰어난 지능과 완성된 정신을 가지고 있으리라 판단되며,
그렇기에 보다 미개하고 제노사이드를 일으킬 정도로 폭력적인 현인류를 멸망시킬 것이라 예상되는 신인류.
미국은 이에 신인류와 신인류가 태어난 기반을 모두 없앰으로써 인류의 위기를 극복하고자 한다.
그렇게 해서 예거 일행에게 '가디언'이라는 임무를 맡긴 것.
예거 일행은 나이젤 피어스 박사와 이야기를 나누게 되고, 그 곳에서 '본적없는 미지의 생물'로 지칭되었던 아키리를 만나게 된다.
예거 일행은 정부가 임무 완료 후 자신들을 몰살할 계획이었음을 알게 되고, 이와 더불러 피어스 박사와 아키리는 예거에게 자신들을 도와주면 예거의 아들의 병을 낳게 해 주겠다고 약속한다.
아키리는 다섯 살 밖에 되지 않았지만 현 인류의 모든 암호를 풀고 해킹할 수 있는 능력을 가지고 있었고, 이 능력을 기반으로 아키리, 피어스 박사, 그리고 예거 일행은 일본으로의 탈출을 감행한다.
한편, 겐토는 아버지가 남긴 노트북에 있는 프로그램이 치료제의 화학 구조를 도출해 낼 수 있는 엄청난 프로그램임을 알게 된다.
그리고 정훈과 함께 힘을 합쳐 폐포 상피 세포 경화증의 치료제 개발에 박차를 가한다.
그러던 중 나머지 노트북 한대를 통해 아키리 일행과 연락을 하게 되고 그 노트북을 톻해 아키리 일행이 무사히 아프리카를 탈출하도록 도와주는 한편 예거의 아내와 접촉하여 예거의 아들의 안위를 예거에게 전해주는 등의 조력자 역할을 하게 된다.
미국은 계속해서 아키리 일행을 말살하기 위해 공격을 감행하지만, 번번히 실패하고. 설상가상으로 미국 측의 모든 중앙 통제 장치등이 해킹당하여 제대로 가동하지 않는 등의 테러를 당하게 되고 결국 아키리 일행에게 백기를 들고 만다.
하지만 아키리는 탈출하는 데에 급급했고, 그렇다면 누가 미국 전체를 초토화시킨것일까?
사실 아키리에게는 누나 에마가 있었고, 그 누나가 신인류의 시초였다.
에마를 출산할 때 에마의 엄마가 위험에 빠지자 당시 그 곳에 자원봉사자로 있던 일본인 여의사가 산모를 일본으로 데려와 일본에서 에마가 태어났고 산모는 죽고 말았다.
여의사는 에마를 자신의 자식으로 호적게 올려 몰래 그녀를 키웠다.
그리고 아프리카에 남아있던 에마의 아버지는 다른 여자와 혼인을 하여 아키리를 낳았던 것.
서로의 존재를 알고 있던 에마와 아키리는 서로 힘을 합쳐 '현인류'를 평가하고 위기에서 벗어나고자 했던 것.
그렇게 미국은 신인류에게 항복. 아키리 일행은 일본에 무사히 도착하여 에마와 상봉.
예거 아들의 병은 겐토가 만든 치료제를 통해 치료 완료.
