듄 3권은 맹인이 되어버린 폴이 죽음의 여행을 떠난 뒤 그의 후손들이 제국을 통치하는 역사를 그리고 있다.

폴이 떠난 후 그의 쌍둥이 아이들인 레토2세와 가니마를 대신하여 폴의 여동생인 알리아가 섭정하여 제국의 운명을 맡게 된다.
그러나 제국의 찬란한 미래를 위하여 혼신을 다하겠다는 알리아의 다짐은 하코넨 남작에 의하여 서서히 무너지고 지배당하게 되어 제국은 혼돈의 상황으로 빠지고 만다. 결국 알리아는 폴의 후손이자 자신의 조카인 레토2세와 가니마의 목숨을 노리게 되고, 레토2세와 가니마는 이를 피해 도망가는 신세가 되고 만다.

그 와중에 알리아는 쌍둥이의 어머니인 제시카를 죽이려 하였고, 알리아의 남편인 던컨은 알리아가 변했다는 사실을 인정하고 제시카를 납치하는 듯 하면서 살루사 세콘더스 행성으로 보내 파라든을 만나게 하였다. 제시카는 파라든에게 베네게세리트 훈련을 주입하고 파라단은 코리노 가문에서 점차 베네게세리트로 변화하였다.

알리아로부터 도망쳐 사막으로 떠난 레토2세는 은신 중 붙잡혔으나 재차 탈출하여 사막으로 다시 향하였고, 모래송어들과 조우하여 그 송어들에게서 나오는 시럽을 다량 흡입하여 점차 몸의 피부가 모래벌래화 되어갔다. 또한 사막에서도 특별한 장비 없이 모래송어와 하나되어 숨쉬는 방법도 터득하게 된다.

사막으로 떠난 폴은 사막의 설교자가 되어 있었고, 설교자를 만난 레토2세는 그가 폴임을 알아챘다. 레토2세는 설교자의 도음을 받아 알리아와 맞서기로 결정하고 목숨을 건 싸움이 시작되었다. 결국 알리아는 전쟁에서 패하게 되고 자신의 육신을 지배하고 있는 하코넨 남작의 목소리를 내며 건물에서 뛰어내려 자결하고 만다.

레토2세는 드디어 아버지의 뒤를 이어 황제로 등극하고 파라든을 황실 서기로 임명하였다. 레토2세는 이미 인간이 아니고 모래벌래화 되어 있어 생식능력이 없어졌지 때문에 동생인 가니마와 파라든이 황제의 혈통을 이어가게 된다.

파라든의 자신의 군대를 레토2세에게 내어주어 장기 집권의 기반을 마련해 주면서 듄3의 이야기는 막을 내리게 된다.
그런데, 레토2세은 수명이 4000년에 달하는 모래벌레가 되어 있었기에 그야말로 수천년에 달하는 장기집권의 서막이 열리게 된 것이다.